충남도는 내포 신청사 이전 후 여러 청사이용 불편사항에 대한 운영시스템 재정비 방안마련에 나섰다. 이에 따라 청사운영 시스템 개선여부에 이목이 쏠리고 있다. 
충남도 청사 출입통제시스템과 관련 본관 1층에 1곳만 운영하던 안내데스크를 지하 1·2층과 의회 1층에 확대 운영할 계획이다. 또 출입관리시스템에 의해 직원들의 타실과 방문이 어렵다는 지적과 관련해서도 사무실 출입문에 인터폰을 설치하여 원격으로 개폐, 불편을 해소하는 방안을 검토중이다. 
민원인의 주차난에 대해서도 선택요일 5부제 운영 방안과 지하1층 주차장은 민원인, 회의 방문자 등을 위해 개방하고 직원들은 지하2층과 옥외주차장을 이용하는 방안을 검토하고 있다
도는 우선 당장 지하층에서 격층 운행하는 엘리베이터는 지하층 전층으로 변경 운행하기로 했다. 이 밖에 본관 4층에 실내 흡연장을 지정하고 흡연장 설치도 총 6개소으로 늘리기로 했다. 
도 관계자는 "청사가 이전한 지 1개월로 운영 시스템이 제대로 정착되지 않아 청사를 찾는 민원인들이 다소 불편한 사항이 있었다"며 "청사 운영 시스템을 재정비해 도민 친화적 청사가 되도록 하겠다"고 말했다.
하지만 기존 시스템을 전면 개편하는 방식이 아닌 일부 보안책을 추가하는 방식으로 추진돼 개선효과를 기대하기 어렵다는 지적이 나오고 있다.